Początki szkoły podstawowej w Nowakowie sięgają lat 50 XX wieku. W 1957 r. Wojewódzkie Przedsiębiorstwo Budownictwa Wiejskiego rozpoczeło pierwsze prace na terenie budowy w Nowakowie. Teren pod budowę szkoły nie był łatwy, gdyż był bardzo podmokły. Solidne fundamenty, których budowę nadzorował Edward Płocheć pozwoliły jednak przetrwać szkole najtrudniejsze momenty, w tym również powódź.

Pod koniec sierpnia 1958 r. dokonano odbioru technicznego nowopowstałego budynku szkolnego i gospodarczego. Był to budynek parterowy o długości 43,66m i szerokości 15,66m. Dzięki finansowaniu przez Zarząd Inwestycji Szkolnych 1 września 1958 r. zabrzmiał tu pierwszy dzwonek obwieszczający rozpoczecie nowego roku szkolnego. Pierwszym kierownikiem szkoły był Pan Zbigniew Reiss. Od roku szkolnego 1966/67 kierownikiem szkoły był Pan Czesław Hajdukonis. Za jego czasów szkoła została powiększona o 14 uczniów ze zlikwidowanej szkoły w Batorowie.

Rok szkolny 1973/74 był kolejnym rokiem, w którym szkoła powiększyła liczbę uczniów. Dyrektorem wówczas była Pani Maria Knitter. W tym też okresie rozszerzony został dojazd dla uczniów z pobliskich miejscowości oraz zorganizowano uczniom opiekę świetlicy szkolnej.

W roku szkolnym 1974/75 na stanowisko dyrektora szkoły powrócił Pan Czesław Hajdukonis, a szkoła stała się zbiorczą placówką oświatową dla uczniów całej "Wyspy Nowakowskiej". Lata późniejsze naznaczone były znacznymi zmianami w szkole: dokonano remontu wszystkich pomieszczeń, wyposażono szkołę w liczne pomoce naukowe. Rozpoczęto również wdrażanie reformy oświatowej, której celem było wprowadzenie dzisięcioletniej szkoły podstawowej, ale reofmry tej zaniechano.

Od września 1980 roku w szkole w Nowakowie funkcję dyrektora pełniła Pani Helena Tomaszewska.  W 3 lata po tym "Wyspę Nowakowska" nawiedził tragiczny kataklizm - powódź. Woda dostała się do budynków szkoły i utrzymywała na wysokości 70 cm. Znaczna część wyposazenia budynku uległa zniszczeniu, a działalność szkoły została zawieszona. W tym czasie uczniowie zmuszeni byli podjąć naukę w innych placówkach oświatowych. Sukcesywnie jednak remontowano budynek szkolny, cleem możliwości przywrócenia nauki w nim.

Udało sie to we wrześniu 1983 r., kiedy to zabrzmiał ponownie pierwszy dzwonek obwieszczający rozpoczecie kolejnego roku szkolnego. Na czele szkoły stanął Pan Czesław Hajdukonis.

W 1990 r. szkoła, mocą reformy, przeszła pod zarząd Gminy Elbląg. Ówczesny Wójt - Pan Sławomir Jezierski - wraz z radnymi gminy wygospodarowali w budzecie pieniądze na kapitalny remont budynku.

W 1991 r. dyrektorem szkoły została Pani Grażyna Gałązka, a 4 lata później Wójt Gminy Elbląg (Sławomir Jezierski) podjął decyzję o kompleksowym remoncie i rozbudowie budynku szkoły. Podczas tych prac dokonano nadbudowy szkoły i powstało kolejne piętro w parterowym dotychczas budynku. 24 kwietnia 1996 r. zostały zakończone prace budowlane i oddano "nowy" budynek do uzytku.

W 2001 r. z inicjatywy wójta Gminy Elbląg - Grzegorza Nowaczyka, w szkole powstała pracownia kompueterowa, która liczyła 10 stanowisk. Jednocześnie planowano dobudowanie hali sportowej, której budowę rozpoczęto w 2005 r. Było to przedsięwzięcie bardzo złożone, gdyż budynek miał mieć rozmiary 37m x 19m. Wyposażony miał być w pełne zaplecze socjalne. Dodatkowo podjęto decyzję o modernizacji dotychczasowego budynku szkoły (osuszanie, termoizolacja, montaż wentylacji i sieci centralnego ogrzewania).

W wyniku wcześniejszych przemian w systemie oświaty w marcu 2006 r. Rada Gminy Elbląg podjęła uchwałę o utworzeniu w Nowakowie Gimnazjum. Decyzja ta okazała się wyjściem na przeciw oczekiwaniom mieszkańców "Wyspy Nowakowskiej", których dzieci uczęszczały dotychczas do gimnazjum w Elblągu. Nastepstwem decyzji o utworzeniu gimnazjum była decyzja o utworzeniu Zespołu Szkół, w skład którego wchodziła szkoła podstawowa i gimnazjum. Dyrektorem Zespołu Szkół w Nowakowie został Pan Bogusław Milusz, a wicedyrektorem Pani Grażyna Gałązka.